Le Golfe du Saint-Laurent (GSL)  représente un large système comparé parfois à un petit bassin océanique. Sa dynamique est complexe.  Le bassin versant du GSL est 66 106 km² avec une densité de population humaine de 29,5 personnes/km². L'étendue des glaces atteint un maximum en mars. L'estuaire du Saint-Laurent se caractérise par la présence d’eaux profondes (350 m) sur une superficie de 1300 km² et qui sont actuellement hypoxiques, avec des concentrations en oxygène inférieures à 2 mg.l-1. La dynamique du GSL est caractérisé par une forte variabilité saisonnière et interannuelle qui influencent la productivité biologique et la croissance de nombreuses espèces d’importance économique (crabe des neiges, pétoncle, homard ....). La biodiversité y est élevée, avec plus de 2 200 espèces d’invertébrés marins qui y ont été dénombrées.

C'est un environnement marin sensible qui revêt une importance majeure pour le Québec et les provinces de l’Atlantique. Cet écosystème subit actuellement des pressions anthropiques considérables (pêches aux engins mobiles, transport maritime, aquaculture ...) qui s'ajoutent aux effets des changements globaux (hypoxie, acidification, érosion côtière). À ces pressions pourraient éventuellement s’ajouter celles de l’exploration et de l’exploitation des hydrocarbures en milieu marin dans le secteur du projet de champ pétrolier « Old Harry ».

Deux évaluations environnementales stratégiques récentes démontrent des lacunes sérieuses sur les connaissances scientifiques de plusieurs aspects clés de l’écosystème du GSL, notamment en matière d’hydrographie, d’écologie, d’état de santé et des cycles biogéochimiques des nutriments. BeBEST sera directement impliqué dans de nouvelles initiatives stratégiques et à l’Initiative stratégique pour une gestion durable des ressources du golfe du Saint-Laurent, pour mieux comprendre et établir des indicateurs de santé du GSL en lien avec les impacts cumulés d’activités diverses (exploitation des hydrocarbures, transport maritime, acidification ...). Un programme d’échantillonnage annuel du benthos est effectué sur environs 100 stations en collaboration avec Pêches et Océans Canada. Le but est d’établir des états de référence et d’établir des indicateurs de santé en lien avec les impacts cumulés. L’archipel de Saint-Pierre et Miquelon, n’est pas actuellement couverte par l’initiative québécoise. BeBEST en validant pour ce secteur les indicateurs développés dans le GSL permettra d’augmenter l’observation de la biodiversité dans cette région de l'Atlantique Nord.